SCREENING SLC2A1 GENE FOR SEQUENCE AND COPY NUMBER VARIATIONS ASSOCIATED WITH GLUT-1 DEFICIENCY SYNDROME
Cemre Örnek Ergüzeloğlu, Bülent Kara, İlker Karacan, Özkan Özdemir, Yeşim Kesim, Nerses Bebek, Uğur Özbek, Sibel Aylin Uğur İşeriObjective: Glucose transporter-1 deficiency syndrome (GLUT1- DS) is defined as a metabolic encephalopathy that is associated with heterozygous and usually de novo pathogenic variations in the SLC2A1 (solute carrier family2 member1) gene. Materials and Methods: In this study, all coding exons and neighboring intronic regions of SLC2A1 were Sanger sequenced in 12 patients with clinically suspected GLUT1-DS. For de novo variations revealed after sequencing and segregation analysis, we also performed genome wide Single Nucleotide Polymorphism (SNP) genotyping to confirm parental relatedness with the proband. In patients without any sequence variations, real-time quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) was applied to determine the presence of any copy number variations (CNV). Results: Sanger sequencing followed by bioinformatics analysis, segregation in the family and SNP array genotyping revealed two novel and de novo pathogenic variations associated with the GLUT1-DS phenotype in 2 patients. qPCR results were compatible with one copy loss of SLC2A1 gene in another patient. All variations identified herein are likely to have caused null alleles and resulted in GLUT1-DS through haplo insufficiency. Disscussion: In this study we used a series of molecular genetic approaches in order to identify all possible variations in SLC2A1 that may be associated with GLUT1-DS. This collective effort facilitated diagnosis in 3 patients.
GLUT-1 EKSİKLİĞİ SENDROMU İLE İLİŞKİLİ SLC2A1 GENİNDE YER ALAN DİZİ VE KOPYA SAYISI VARYASYONLARININ İNCELENMESİ
Cemre Örnek Ergüzeloğlu, Bülent Kara, İlker Karacan, Özkan Özdemir, Yeşim Kesim, Nerses Bebek, Uğur Özbek, Sibel Aylin Uğur İşeriAmaç: GLUT1 eksikliği sendromu (GLUT-1ES) bebeklik çağında başlayan metabolic bir ensefalopati olarak tanımlanmıştır. Kolaylaştırılmış glikoz taşıyıcısı olan GLUT1’i kodlayan SLC2A1 genindeki de novo patojenik varyasyonlardan kaynaklanır. Gereç ve Yöntem: Bu çalışma kapsamında, GLUT1-ES klinik şüphesi olan 12 hastada SLC2A1 geninin tüm ekzonları Sanger dizileme metodu ile taranmıştır. De novo varyantların anne baba çocuk üçlüsü açısından uyumluluğu Tek Nükleotid Polimorfizmi (SNP) genotiplemesi ile yapılmıştır. Sanger analizinde herhangi bir değişikliği olmayan hastalarda, gerçek zamanlı kantitatif PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) analizi ile kopya sayısı değişimleri incelenmiştir. Bulgular: Sanger dizileme, biyoinformatik analiz, aile segregasyonu ve SNP genotipleme yaklaşımlarının ardarda uygulanması ile 2 hastada GLUT1-ES fenotipiyle ilişkili iki yeni ve de novo patojenik varyasyon tespit edilmiştir. Gerçek zamanlı qPZR sonuçları ise bir başka hastada SLC2A1 geninin bir kopya kaybıyla uyumlu bulunmuştur. Tespit edilen 3 varyasyonun da SLC2A1 geninin bir allelinin fonksiyonunu tamamen ortadan kaldırarak haployetersizlik mekanizması ile hastalığa yol açtığı öngörülmüştür. Tartışma: Bu çalışma ile pek çok farklı moleküler genetik teknik ve analizler kullanılarak GLUT1-ES hastalığında gen seviyesindeki olası tüm değişikliklerin belirlenmesi hedeflenmiş; klinik tanıya katkı sağlanmıştır.
