Tıp Bilişimi IV

EnglishTürkçe

BÖLÜM


DOI :10.26650/B/T3.2024.40.026   IUP :10.26650/B/T3.2024.40.026    Tam Metin (PDF)

Böbrek Nakli̇nde Daha İyi̇ Donör Eşleşmesi̇ İçi̇n Sanal Çapraz Eşleşme ve Epi̇top Hari̇talama

Sedat Tanju Karadeniz, E. Demet Akten, Süleyman Rüştü Oğuz, Çiğdem Keklik Çınar, Hayriye Şentürk Çiftçi, Fatma Savran Oğuz, Kemal Yelekci

Donörler ve alıcılar arasındaki insan lökosit antijeni (HLA) eşitsizliği, donöre özgü antikorların (DSA) oluşumunun ve nakil sonrası greft reddinin birincil sebebidir. Bu çalışmada, HLA antijen uyuşmazlıkları saptandıktan sonra, alıcının anti-HLA antikorlarına bağlanan antijenlerin epletlerinin araştırılması ve uyumsuz donör HLA antijenleri ile alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikoruna bağlı antijenler arasında paylaşılan epletlerin sayısının hesaplanarak DSA’nını tahmin edilmesi amaçlanmıştır. Alıcı-donör HLA Tipleme sonuçlarını ve alıcının Luminex tek antijen boncuk (Luminex-SAB) tahlili ile nakil öncesi ve nakil sonrası anti-HLA antikor tespit sonuçlarını beş adımda hesaplamak için geriye dönük veriler kullanılmıştır. İlk adımda uyumsuz antijenleri bulmak için HLA Tipleme sonuçları karşılaştırılmıştır. İkinci adımda alıcının transplantasyon öncesi anti-HLA antikorları için ilgili epletleri araştırılmıştır. Ardından, donörün uyumsuz HLA antijenleri ile alıcının nakil öncesi anti-HLA antikorları arasındaki paylaşılan epletleri hesaplanarak en yüksek pay bulunmuştur. Dördüncü adımda, en çok paylaşılan anti-HLA antikorlarını olası DSA olarak listelenmiştir. Son olarak, donörün HLA antijen amino asit (AA) dizisini kullanan “IEDB Bepipred-1.0 Antikor Epitop Tahmini” yöntemiyle olası epitopun peptit AA dizilerini doğrulanmıştır


Anahtar Kelimeler: Sanal çapraz karşılaştırma, antikor tahmini, epitop haritalama, donör spesifik antikor, böbrek nakli
DOI :10.26650/B/T3.2024.40.026   IUP :10.26650/B/T3.2024.40.026    Tam Metin (PDF)

Virtual Crossmatching and Epitope Mapping for Better Donor Match in Kidney Transplantation

Sedat Tanju Karadeniz, E. Demet Akten, Süleyman Rüştü Oğuz, Çiğdem Keklik Çınar, Hayriye Şentürk Çiftçi, Fatma Savran Oğuz, Kemal Yelekci

The human leukocyte antigen (HLA) disparity between donors and recipients is the primary driver of donor specific antibodies (DSA) formation and graft rejection after transplantation. It was aimed to predict the DSA by finding the HLA antigen mismatches, searching the eplets of antigens that bind to the recipient’s anti-HLA antibodies, calculating the number of shared eplets between the mismatched donor HLA antigens and the recipient’s pretransplantation anti-HLA antibody-bound antigens. Recipient-donor HLA Typing results and the recipient’s pretransplantation and post-transplantation anti-HLA antibody detection results by Luminex single antigen bead (Luminex-SAB) assay were used as retrospective data for calculation in five steps. In the first step, HLA Typing results were compared to find the mismatched and in the second step the relevant eplets were searched for the recipient’s pre-transplantation anti-HLA antibodies. Next, the shared eplets between the donor’s mismatched HLA antigens and the recipient’s pre-transplantation anti-HLA antibodies were calculated to find the highest number of shares. In the fourth step, the most shared anti-HLA antibodies were listed as the most probable DSA. Finally, the possible epitope’s peptide AA (amino acid) sequences were confirmed with the “IEDB Bepipred-1.0 Antibody Epitope Prediction method” using the donor’s HLA antigen AA sequence.


Anahtar Kelimeler: Virtual crossmatch, antibody prediction, epitope mapping, donor specific antibody, kidney transplantation

Referanslar

  • Aleksandar, S. (2020). Innovative Approaches for HLA-matching and Immune Risk Stratification in Kidney. Journal of ISMAC. Katholieke Universiteit Leuven. https://doi.org/10.36548/jismac.2020.2. google scholar
  • Antibody Epitope Prediction (no date). http://tools.iedb.org/bcell/. google scholar
  • Bettinotti, M.P. (2022). Evolution of HLA testing for hematopoietic stem cell transplantation: Importance of the candidate’s antibody profile for donor selection. Human Immunology, 83(10), 721-729. https://doi. org/10.1016/j.humimm.2022.04.012. google scholar
  • Bezstarosti, S., Bakker, K.H., Kramer, C.S.M., de Fijter, J.W., Reinders, M.E.J., Mulder, A., Claas, F.H.J., & Heidt, S. (2022). A Comprehensive Evaluation of the Antibody-Verified Status of Eplets Listed in the HLA Epitope Registry. Frontiers in Immunology, 12(1), 1-16. https://doi.org/10.3389/fimmu.2021.800946. google scholar
  • Bezstarosti, S., Kramer, C.S.M., Claas, F.H.J., de Fijter, J.W., Reinders, M.E.J., & Heidt, S. (2022). Implemen-tation of molecular matching in transplantation requires further characterization of both immunogenicity and antigenicity of individual HLA epitopes. Human Immunology, 83(3), 256-263. https://doi.org/10.1016/j. humimm.2021.12.002. google scholar
  • Cruz-Tapias P, & Castiblanco J, A.J. (2013) Major histocompatibility complex: Antigen processing and presen-tation - Autoimmunity - NCBI Bookshelf. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK459467/. google scholar
  • Duquesnoy, R.J. (2016). Reflections on HLA epitope-based matching for transplantation. Frontiers in Immuno-logy, 7(11), 1-8. https://doi.org/10.3389/fimmu.2016.00469. google scholar
  • Geneugelijk, K. (2017). Indirect recognition of HLA epitopes in solid organ transplantation. google scholar
  • HLA Eplet Registry (no date). https://www.epregistry.com.br/. google scholar
  • Sapir-Pichhadze, R., Tinckam, K., Quach, K., John, R., Beyene, J., & Kim, S.J. (2015). HLA-DR and -DQ eplet mismatches and transplant glomerulopathy: A nested case-control study. American Journal of Transplanta-tion, 15(1), 137-148. https://doi.org/10.1111/ajt.12968. google scholar
  • Senev, A., Van Loon, E., Lerut, E., Callemeyn, J., Coemans, M., Van Sandt, V., Kuypers, D., Emonds, M.P., & Naesens, M. (2021) Risk factors, histopathological features, and graft outcome of transplant glomerulo-pathy in the absence of donor-specific HLA antibodies. Kidney International, 100(2), 401-414. https://doi. org/10.1016/j.kint.2021.01.029. google scholar
  • Tambur, A.R. & Claas, F.H.J. (2015). HLA epitopes as viewed by antibodies: What Is it all about? American Journal of Transplantation, 15(5), 1148-1154. https://doi.org/10.1111/ajt.13192. google scholar


PAYLAŞ




İstanbul Üniversitesi Yayınları, uluslararası yayıncılık standartları ve etiğine uygun olarak, yüksek kalitede bilimsel dergi ve kitapların yayınlanmasıyla giderek artan bilimsel bilginin yayılmasına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. İstanbul Üniversitesi Yayınları açık erişimli, ticari olmayan, bilimsel yayıncılığı takip etmektedir.