Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi

GÖNDERBİLGİ
EnglishTürkçe

Araştırma Makalesi


DOI :10.26650/JARHS2024-1498523   IUP :10.26650/JARHS2024-1498523    Tam Metin (PDF)

HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI

Gözde Öztan, Halim İşsever

Amaç: Hepatit C virüsü (HCV) enfeksiyonlarının küresel prevalansı son zamanlarda epidemik seviyelere ulaşmıştır. Hepatoselüler karsinom (HCC) olarak bilinen karaciğer kanseri, tespit edildiğinde çok öldürücüdür ve tedaviye erişimi olmayan, kalıcı HCV enfeksiyonu olan kişilerde yaygındır. Son çalışmalar, HCV tarafından kodlanan proteinlerin, enfekte hepatositlerde kanser gelişimine katkıda bulunduğunu göstermiştir. HCC ve karaciğer kanserine yönelik tedaviler geliştirmek için viral proteinlerin konak hücre proteinleriyle nasıl etkileşime girdiğini anlamak önemlidir.

Gereç ve Yöntemler: HCC ve HCV ile ilişkili yaygın DEG’lerin yolaklarını tanımlamak için Reactome, WikiPathways, KEGG ve Biocarta veritabanlarını kullandık.

Bulgular: Biyoenformatik yaklaşımlar aracılığıyla bu çalışmada, hepatit C ile ilişkili karaciğer kanserinin patogenezinin altında yatan moleküler mekanizmaları belirlemek için ortak diferansiyel genler ve ilgili yolaklar keşfedildi. Gen-gen etkileşimlerinin araştırılması daha etkili tedavi yaklaşımlarına yol açabilir. Karaciğer kanseri transkriptom verileri, 708 genin HCC ile ilişkili olduğunu tanımladı. Hepatit C enfeksiyonuna ilişkin veriler, HCV ile bağlantılı 1768 gen ortaya çıkardı. Daha sonra Venn diyagramı HCV ve HCC’de ortak olan 152 DEG’i tanımladı. Sonuç: Hepatit C ile ilişkili karaciğer kanserinde, PPI analizi yoluyla belirlediğimiz ilk 20 hedef genin biyobelirteç olarak kullanabileceğine inanıyoruz.

Anahtar Kelimeler: Hepatoselüler karsinom, hepatit C virüsü, veritabanları, genler, biyoinformatik, yolaklar
DOI :10.26650/JARHS2024-1498523   IUP :10.26650/JARHS2024-1498523    Tam Metin (PDF)

INVESTIGATION OF THE RELATIONSHIP BETWEEN HEPATITIS C AND LIVER CANCER DATABASES

Gözde Öztan, Halim İşsever

Objective: The global prevalence of hepatitis C virus (HCV) infections has recently reached epidemic levels. Liver cancer, known as hepatocellular carcinoma (HCC), is extremely lethal once detected and is common in those with persistent HCV infection without access to appropriate therapy. Recent studies have shown that HCV-encoded proteins contribute to cancer development in infected hepatocytes. To develop treatments for HCC and liver cancer, it is essential to understand how viral proteins interact with host cell proteins.

Material and Methods: We used the Reactive, WikiPathways, KEGG, and Biocarta databases to identify common DEG pathways associated with HCC and HCV.

Results: Through bioinformatics approaches, this study identified common differential genes and related pathways to determine the molecular mechanisms underlying the pathogenesis of hepatitis C-related liver cancer. Investigating gene-gene interactions may lead to more effective treatment approaches. The liver cancer transcriptome identified 708 genes associated with HCC. Data on hepatitis C infection revealed 1768 genes linked to HCV. The Venn diagram then identified 152 DEGs common to HCV and HCC.

Conclusion: We believe that hepatitis C-related liver cancer can be predicted using the first 20 target genes identified through PPI analysis.

Anahtar Kelimeler: Hepatocellular carcinoma, hepatitis C virus, databases, genes, bioinformatics, pathways

PDF Görünüm

Referanslar

  • 1. Cao H, Chen X, Wang Z, Wang L, Xia Q, Zhang W. Role of MDM2-p53 axis dysfunction in the hepatocellular carcinoma transformation. Cell Death Discovery 2020;6:53. google scholar
  • 2. Chen G, Zhang W, Ben Y. Identification of Key Regulators of Hepatitis C Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma by Integrating Whole-Genome and Transcriptome Sequencing Data. Frontiers in Genetics 2021;12:741608. google scholar
  • 3. Huang LH, Hsieh TM, Huang CY, Liu YW, Wu SC, Chien PC, Hsieh CH. Disparity of Hepatocellular Carcinoma in Tumour Microenvironment-Related Genes and Infiltrating Immune Cells between Asian and Non-Asian Populations Genes (Basel) 2021;12(8). google scholar
  • 4. Lin MV, King LY, Chung RT. Hepatitis C virus-associated cancer. Annual Review of Pathology. 2015;10:345-70. google scholar
  • 5. Tornesello M.L., Buonaguro L., Tatangelo F., Botti G., Izzo F., Buonaguro F.M. Mutations in the TP53, CTNNB1, and PIK3CA genes of hepatocellular carcinoma associated with hepatitis B and hepatitis C virus infections. Genomics 2013;102(2):74-83. google scholar
  • 6. Oshida K, Vasani N, Waxman DJ, Corton JC. Disruption of STAT5b-Regulated Sexual Dimorphism of the Liver Transcriptome by Diverse Factors Is a Common Event. PLoS One 2016;11(3):e0148308. google scholar
  • 7. Abu El-Makarem MA, Kamel MF, Mohamed AA, Ali HA, Mohamed MR, Mohamed AEM, et al. Down-regulation of hepatic expression of GHR/STAT5/IGF-1 signalling pathway fosters development and aggressiveness of HCV-related hepatocellular carcinoma: Crosstalk with Snail-1 and type 2 transforming growth factor-beta receptor PLoS One 2022;17(11):e0277266. google scholar
  • 8. Wu Q, Li Z, Mellor P, Zhou Y, Anderson DH, Liu Q. The role of PTEN-HCV core interaction in hepatitis C virus replication. Scientific Reports 2017;7(1):3695. google scholar
  • 9. Khalid A, Hussain T, Manzoor S, Saalim M, Khaliq S. PTEN: A potential prognostic marker in virus-induced hepatocellular carcinoma. Tumour Biology 2017;39(6):1010428317705754. google scholar
  • 10. NCI-GDC Data Portal (https://portal.gdc.cancer.gov/). Access Date: 09.06.2024 google scholar
  • 11. Bioinformatics & Evolutionary Genomics database. https:// bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ Access Date: 09.06.2024 google scholar
  • 12. Enrichr: comprehensive gene set enrichment analysis web server. https://maayanlab.cloud/Enrichr/. Access Date: 09.06.2024 google scholar
  • 13. STRING (Search Tool for Retrieval of Interaction Genes and Proteins), a web-based application (https://string-db.org/ Access Date: 09.06.2024 google scholar
  • 14. Azer SA. MDM2-p53 Interactions in Human Hepatocellular Carcinoma: What Is the Role of Nutlins and New Therapeutic Options? J Clin Med 2018;7(4) google scholar
  • 15. Ma C, Huang S, Xu L, Tian L, Yang Y, Wang J. Transcription coactivator P300 activates Elk1-aPKC-iota signalling mediated epithelial-to-mesenchymal transition and malignancy in hepatocellular carcinoma. Oncogenesis 2020;9(3):32. google scholar
  • 16. Toraih EA, Alrefai HG, Hussein MH, Helal GM, Khashana MS, Fawzy MS. Overexpression of heat shock protein HSP90AA1 and translocase of the outer mitochondrial membrane TOM34 in HCV-induced hepatocellular carcinoma: A pilot study. Clin Biochemistr 2019;63:10-7. google scholar
  • 17. Patra T, Meyer K, Ray RB, Ray R. Hepatitis C virus-mediated inhibition of miR-181c Activates ATM Signalling and Promotes Hepatocyte Growth. Hepatology 2020;71(3):780-93. google scholar
  • 18. Cancer Genome Atlas Research Network. Electronic address: wbe, Cancer Genome Atlas Research N. Comprehensive and Integrative Genomic Characterisation of Hepatocellular Carcinoma. Cell 2017;169(7):1327-41. google scholar
  • 19. Li Y, Zhang Q, Liu Y, Luo Z, Kang L, Qu J, et al. Hepatitis C virus activates Bcl-2 and MMP-2 expression through multiple cellular signalling pathways. J Virol 2012;86(23):12531-43. google scholar
  • 20. Diao H, Wang L, Huang J, Jiang M, Zhou H, Li X, et al. BRCA1-mediated inflammation and growth activated and inhibited transition mechanisms between non-tumour hepatitis/cirrhotic tissues and HCC. J Cell Biochemistr 2014;115(4):641-50. google scholar
  • 21. Lu H, Ye C, Feng X, Liu J, Bhaumik M, Xia B, et al. Spontaneous Development of Hepatocellular Carcinoma and B-Cell Lymphoma in Mosaic and Heterozygous Brca2 and Cdkn1a-Interacting Protein Knockout Mice. Am J Pathol 2020;190(6):1175-87. google scholar
  • 22. Nomeir H, Elsheredy H, Nomeir A, Mostafa NR, El-Hamshary S. Diagnostic performance of RASSF1A and CDKN2A methylation versus -fetoprotein in hepatocellular carcinoma. Clin Experim Hepatol 2022;8(3):243-52. google scholar
  • 23. Ling Q, Dong F, Geng L, Liu Z, Xie H, Xu X, Zheng S. Impacts of TCF7L2 gene polymorphisms on the susceptibility of hepatogenous diabetes and hepatocellular carcinoma in cirrhotic patients. Gene 2013;522(2):214-8. google scholar
  • 24. Qu C, Zheng D, Li S, Liu Y, Lidofsky A, Holmes JA, et al. Tyrosine kinase SYK is a potential therapeutic target for liver fibrosis. Hepatology 2018;68(3):1125-39. google scholar
  • 25. Zhao R, Wu Y, Wang T, Zhang Y, Kong D, Zhang L, et al. Elevated Src expression is associated with hepatocellular carcinoma metastasis in northern Chinese patients. Oncol Lett 2015;10(5):3026-34. google scholar
  • 26. Ren H, Fang J, Ding X, Chen Q. Role and inhibition of Src signalling in the progression of liver cancer. Open Life Sciences 2016;11(1):513-8. google scholar

Atıflar

Biçimlendirilmiş bir atıfı kopyalayıp yapıştırın veya seçtiğiniz biçimde dışa aktarmak için seçeneklerden birini kullanın


DIŞA AKTAR



APA

Öztan, G., & İşsever, H. (2024). HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, 7(3), 185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


AMA

Öztan G, İşsever H. HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi. 2024;7(3):185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


ABNT

Öztan, G.; İşsever, H. HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, [Publisher Location], v. 7, n. 3, p. 185-200, 2024.


Chicago: Author-Date Style

Öztan, Gözde, and Halim İşsever. 2024. “HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7, no. 3: 185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


Chicago: Humanities Style

Öztan, Gözde, and Halim İşsever. “HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7, no. 3 (Dec. 2024): 185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


Harvard: Australian Style

Öztan, G & İşsever, H 2024, 'HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI', Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, vol. 7, no. 3, pp. 185-200, viewed 22 Dec. 2024, https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


Harvard: Author-Date Style

Öztan, G. and İşsever, H. (2024) ‘HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI’, Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, 7(3), pp. 185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523 (22 Dec. 2024).


MLA

Öztan, Gözde, and Halim İşsever. “HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, vol. 7, no. 3, 2024, pp. 185-200. [Database Container], https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523


Vancouver

Öztan G, İşsever H. HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi [Internet]. 22 Dec. 2024 [cited 22 Dec. 2024];7(3):185-200. Available from: https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523 doi: 10.26650/JARHS2024-1498523


ISNAD

Öztan, Gözde - İşsever, Halim. “HEPATİT C İLE KARACİĞER KANSERİ ARASINDAKİ İLİŞKİNİN VERİ TABANLARI ÜZERİNDEN ARAŞTIRILMASI”. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7/3 (Dec. 2024): 185-200. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1498523



ZAMAN ÇİZELGESİ


Gönderim10.06.2024
Kabul25.07.2024
Çevrimiçi Yayınlanma23.10.2024

LİSANS


Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

This license lets others remix, tweak, and build upon your work non-commercially, and although their new works must also acknowledge you and be non-commercial, they don’t have to license their derivative works on the same terms.


PAYLAŞ




İstanbul Üniversitesi Yayınları, uluslararası yayıncılık standartları ve etiğine uygun olarak, yüksek kalitede bilimsel dergi ve kitapların yayınlanmasıyla giderek artan bilimsel bilginin yayılmasına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. İstanbul Üniversitesi Yayınları açık erişimli, ticari olmayan, bilimsel yayıncılığı takip etmektedir.