Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi

GÖNDERBİLGİ
EnglishTürkçe

Araştırma Makalesi


DOI :10.26650/JARHS2024-1496234   IUP :10.26650/JARHS2024-1496234    Tam Metin (PDF)

GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI

Burak Karacan, Özden Büyükbaba Boral, Gülay İmadoğlu Yetkin, Aslı Çifcibaşı Örmeci, Ozan Özkaya, Murat Sütçü, Muradiye Acar, Bülent Ediz

Amaç: Bu çalışmanın amacı, hem gastrointestinal şikâyeti olan hastalarda bağırsak patojeni protozoonların prevalansını tespit ederek sürveyans verilerine katkı sağlamak hem de mikroskopi ve multipleks real-time PCR yöntemlerinin performanslarını karşılaştırmalı olarak değerlendirmektir.

Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, en az bir gastrointestinal şikâyeti olan 40 yetişkin (18 yaş ve üzerinde) ve 40 çocuk (5-12 yaş arasında) gönüllü hasta dâhil edildi. Her hastadan günaşırı olarak 3 kez alınan gaita örnekleri; Nativ-Lugol, modifiye formol-eter çöktürme, Wheatley’in trikrom boyama ve modifiye Ziehl-Neelsen boyama teknikleri uygulandıktan sonra ışık mikroskobunda incelendi. Ayrıca, yalnızca ilk olarak alınan gaita örnekleri; DNA ekstraksiyonundan sonra, Allplex™ GI Parasite Assay paneli kullanılarak multipleks real-time PCR yöntemiyle test edildi. Yöntemlerin duyarlılıkları ve özgüllükleri arasındaki farklılıklar, Fisher’in kesin testi ile analiz edildi. p değerinin <0,05 olması, istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.

Bulgular: Bağırsak patojeni protozoonların prevalansının yetişkin grubunda %25, çocuk grubunda ise %35 olduğu tespit edildi. Yöntemlerin duyarlılıkları ve özgüllükleri arasındaki farklılıklar, istatistiksel olarak anlamlı bulunmadı (p=0,999).

Sonuç: Allplex™ GI Parasite Assay paneli kullanılarak gerçekleştirilen multipleks real-time PCR yönteminin yalnızca ilk örnek test edildiğinde bile etkili olması; bu yöntemin, bağırsak patojeni protozoonların rutin tanısında kullanılabileceğini düşündürmektedir.

Anahtar Kelimeler: Patojen, bağırsak, protozoon, prevalans, mikroskopi, PCR
DOI :10.26650/JARHS2024-1496234   IUP :10.26650/JARHS2024-1496234    Tam Metin (PDF)

INVESTIGATION OF THE PREVALENCE OF PATHOGENIC INTESTINAL PROTOZOANS IN PATIENTS WITH GASTROINTESTINAL COMPLAINTS VIA MICROSCOPY AND MULTIPLEX REAL-TIME PCR

Burak Karacan, Özden Büyükbaba Boral, Gülay İmadoğlu Yetkin, Aslı Çifcibaşı Örmeci, Ozan Özkaya, Murat Sütçü, Muradiye Acar, Bülent Ediz

Objective: This study aimed to contribute to surveillance data by determining the prevalence of pathogenic intestinal protozoans in patients with gastrointestinal complaints and to comparatively evaluate the performance of microscopy and multiplex real-time PCR methods.

Materials and Methods: Forty adults (18 years or older) and 40 children (aged 5 to 12 years) who volunteered patients with at least one gastrointestinal complaint were included in the study. Stool samples collected three times every other day from each patient were examined under a light microscope using Native-Lugol, modified formol-ether concentration, Wheatley’s modified trichrome staining, and Modified Ziehl-Neelsen staining techniques. In addition, the first stool samples were tested using multiplex real-time PCR with the Allplex™ GI Parasite Assay panel after DNA extraction. Differences between the sensitivities and specificities between the methods were analysed using Fisher’s exact test. A p-value of <0.05 was considered statistically significant.

Results: The prevalence of pathogenic intestinal protozoans was 25% in adults and 35% in children. Differences in the sensitivities and specificities of the methods were not found to be statistically significant (p=0.999).

Conclusion: Multiplex real-time PCR method performed using the Allplex™ GI Parasite Assay panel was effective even when only the first sample tested, suggesting that this method would be used for the routine diagnosis of pathogenic intestinal protozoans.

Anahtar Kelimeler: Pathogen, intestinal, protozoon, prevalence, microscopy, PCR

PDF Görünüm

Referanslar

  • 1. Axelrad JE, Freedberg DE, Whittier S, Greendyke W, Lebwohl B, Green DA. Impact of Gastrointestinal Panel Implementation on Health Care Utilization and Outcomes. J Clin Microbiol 2019;57(3):e01775-18. google scholar
  • 2. Faria CP, Zanini GM, Dias GS, da Silva S, de Freitas MB, Almendra R, et al. Geospatial distribution of intestinal parasitic infections in Rio de Janeiro (Brazil) and its association with social determinants. PLoS Negl Trop Dis 2017;11(3):e0005445. google scholar
  • 3. Short EE, Caminade C, Thomas BN. Climate Change Contribution to the Emergence or Re-Emergence of Parasitic Diseases. Infect Dis (Auckl) 2017;10:1178633617732296. google scholar
  • 4. McHardy IH, Wu M, Shimizu-Cohen R, Couturier MR, Humphries RM. Detection of intestinal protozoa in the clinical laboratory. J Clin Microbiol 2014;52(3):712-20. google scholar
  • 5. Autier B, Gangneux JP, Robert-Gangneux F. Evaluation of the AllplexTM Gastrointestinal Panel-Parasite Assay for protozoa detection in stool samples: A retrospective and prospective study. Microorganisms 2020;8(4):569. google scholar
  • 6. Ghoshal U, Tejan N. Rationale of using multiplex polymerase chain reaction (PCR) panels for etiological diagnosis of infective diarrhea in the tropics. Indian J Gastroenterol 2018;37(5):381-4. google scholar
  • 7. Goldenberg SD, Bacelar M, Brazier P, Bisnauthsing K, Edgeworth JD. A cost benefit analysis of the Luminex xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel for detection of infectious gastroenteritis in hospitalised patients. J Infect 2015;70(5):504-11. google scholar
  • 8. Beal SG, Tremblay EE, Toffel S, Velez L, Rand KH. A Gastrointestinal PCR Panel Improves Clinical Management and Lowers Health Care Costs. J Clin Microbiol 2017;56(1):e01457-17. google scholar
  • 9. Machiels JD, Cremers AJH, van Bergen-Verkuyten MCGT, Paardekoper-Strijbosch SJM, Frijns KCJ, Wertheim HFL, et al. Impact of the BioFire FilmArray gastrointestinal panel on patient care and infection control. PLoS One 2020;15(2):e0228596. google scholar
  • 10. https://www.cdc.gov/disasters/disease/diarrhea-evac.html (Access date: January 2, 2021). google scholar
  • 11. https://www.cdc.gov/infectioncontrol/guidelines/isolation/ precautions.html, (Access date: January 2, 2021). google scholar
  • 12. Buss SN, Leber A, Chapin K, Fey PD, Bankowski MJ, Jones MK, et al. Multicenter evaluation of the BioFire FilmArray gastrointestinal panel for etiologic diagnosis of infectious gastroenteritis. J Clin Microbiol 2015;53(3):915-25. google scholar
  • 13. Binnicker MJ. Multiplex molecular panels for diagnosis of gastrointestinal infection: performance, result interpretation, and cost-effectiveness. J Clin Microbiol 2015;53:3723-8. google scholar
  • 14. Garcia LS. Dientamoeba fragilis, One of the Neglected Intestinal Protozoa. J Clin Microbiol 2016;54(9):2243-50. google scholar
  • 15. uncay S, Inceboz T, Over L, Yalçin G, Usluca S, Şahin S, et al. Dışkıda Entamoeba histolytica’nın saptanmasında kullanılan yöntemlerin birlikte değerlendirilmesi. Turkiye Parazitol Derg 2007;31(3):188-93. google scholar
  • 16. Acikgoz Y, Ozkaya O, Bek K, Genc G, Sensoy SG, Hokelek M. Cryptosporidiosis: a rare and severe infection in a pediatric renal transplant recipient. Pediatr Transplant 2012;16(4):E115-9. google scholar
  • 17. Büyükbaba-Boral Ö, Çelik DG, İliaz R, Akgül A, İşsever H, Akyüz F. İnflamatuar Barsak Hastalığı Olan Hastalarda Blastocystis spp.’nin Farklı Tanı Yöntemleri ile Araştırılması. İst Tıp Fak Derg 2017;80(1):38-44. google scholar
  • 18. Argy N, Nourrisson C, Aboubacar A, Poirier P, Valot S, Laude A, et al. Selecting a multiplex PCR panel for accurate molecular diagnosis of intestinal protists: a comparative study of Allplex® (Seegene®), G-DiaParaTrio (Diagenode®), and RIDA®GENE (R-Biopharm®) assays and microscopic examination. Parasite 2022;29:5. google scholar

Atıflar

Biçimlendirilmiş bir atıfı kopyalayıp yapıştırın veya seçtiğiniz biçimde dışa aktarmak için seçeneklerden birini kullanın


DIŞA AKTAR



APA

Karacan, B., Büyükbaba Boral, Ö., İmadoğlu Yetkin, G., Çifcibaşı Örmeci, A., Özkaya, O., Sütçü, M., Acar, M., & Ediz, B. (2024). GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, 7(3), 180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


AMA

Karacan B, Büyükbaba Boral Ö, İmadoğlu Yetkin G, Çifcibaşı Örmeci A, Özkaya O, Sütçü M, Acar M, Ediz B. GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi. 2024;7(3):180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


ABNT

Karacan, B.; Büyükbaba Boral, Ö.; İmadoğlu Yetkin, G.; Çifcibaşı Örmeci, A.; Özkaya, O.; Sütçü, M.; Acar, M.; Ediz, B. GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, [Publisher Location], v. 7, n. 3, p. 180-184, 2024.


Chicago: Author-Date Style

Karacan, Burak, and Özden Büyükbaba Boral and Gülay İmadoğlu Yetkin and Aslı Çifcibaşı Örmeci and Ozan Özkaya and Murat Sütçü and Muradiye Acar and Bülent Ediz. 2024. “GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7, no. 3: 180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


Chicago: Humanities Style

Karacan, Burak, and Özden Büyükbaba Boral and Gülay İmadoğlu Yetkin and Aslı Çifcibaşı Örmeci and Ozan Özkaya and Murat Sütçü and Muradiye Acar and Bülent Ediz. “GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7, no. 3 (Nov. 2024): 180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


Harvard: Australian Style

Karacan, B & Büyükbaba Boral, Ö & İmadoğlu Yetkin, G & Çifcibaşı Örmeci, A & Özkaya, O & Sütçü, M & Acar, M & Ediz, B 2024, 'GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI', Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, vol. 7, no. 3, pp. 180-184, viewed 15 Nov. 2024, https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


Harvard: Author-Date Style

Karacan, B. and Büyükbaba Boral, Ö. and İmadoğlu Yetkin, G. and Çifcibaşı Örmeci, A. and Özkaya, O. and Sütçü, M. and Acar, M. and Ediz, B. (2024) ‘GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI’, Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, 7(3), pp. 180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234 (15 Nov. 2024).


MLA

Karacan, Burak, and Özden Büyükbaba Boral and Gülay İmadoğlu Yetkin and Aslı Çifcibaşı Örmeci and Ozan Özkaya and Murat Sütçü and Muradiye Acar and Bülent Ediz. “GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI.” Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi, vol. 7, no. 3, 2024, pp. 180-184. [Database Container], https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234


Vancouver

Karacan B, Büyükbaba Boral Ö, İmadoğlu Yetkin G, Çifcibaşı Örmeci A, Özkaya O, Sütçü M, Acar M, Ediz B. GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi [Internet]. 15 Nov. 2024 [cited 15 Nov. 2024];7(3):180-184. Available from: https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234 doi: 10.26650/JARHS2024-1496234


ISNAD

Karacan, Burak - Büyükbaba Boral, Özden - İmadoğlu Yetkin, Gülay - Çifcibaşı Örmeci, Aslı - Özkaya, Ozan - Sütçü, Murat - Acar, Muradiye - Ediz, Bülent. “GASTROİNTESTİNAL ŞİKÂYETİ OLAN HASTALARDA BAĞIRSAK PATOJENİ PROTOZOONLARIN PREVALANSININ MİKROSKOPİ VE MULTİPLEKS REAL-TIME PCR İLE ARAŞTIRILMASI”. Sağlık Bilimlerinde İleri Araştırmalar Dergisi 7/3 (Nov. 2024): 180-184. https://doi.org/10.26650/JARHS2024-1496234



ZAMAN ÇİZELGESİ


Gönderim05.06.2024
Çevrimiçi Yayınlanma23.10.2024

LİSANS


Attribution-NonCommercial (CC BY-NC)

This license lets others remix, tweak, and build upon your work non-commercially, and although their new works must also acknowledge you and be non-commercial, they don’t have to license their derivative works on the same terms.


PAYLAŞ




İstanbul Üniversitesi Yayınları, uluslararası yayıncılık standartları ve etiğine uygun olarak, yüksek kalitede bilimsel dergi ve kitapların yayınlanmasıyla giderek artan bilimsel bilginin yayılmasına katkıda bulunmayı amaçlamaktadır. İstanbul Üniversitesi Yayınları açık erişimli, ticari olmayan, bilimsel yayıncılığı takip etmektedir.